Der Güterbahnhof Neukölln liegt an der Berliner Ringbahn zwischen S-Bahnhof Neukölln und S-Bahnhof Hermannstraße sowie an der Ringbahnstraße.

Die Berliner Ringbahn wurde 1871 als Verbindungs-Bahn eröffnet. An dieser wurden mehrere Ringbahn-Stationen angelegt. Darunter die Ringbahn-Station Rixdorf (heute S-Bahnhof Neukölln). Wann der Güterbahnhof Rixdorf angelegt wurde ist nicht bekannt. Vermutlich wurde er mit dem Bau der Verbindungs-Bahn angelegt.

Im Zuge der Vorbereitungen zur Berliner Gewerbeausstellung wurde im Jahr 1896 die Höherlegung der Gleise der Stadt- und Ringbahn zur Unterführung der Bergstraße (heute Karl-Marx-Straße) mit einem Neubau der Ringbahn-Station Rixdorf durchgeführt und ein neuer Güterbahnhof Rixdorf angelegt.

Die Ringbahn-Station am Bahnhof Hermannstraße wurde erst 1899 eröffnet. Neben dieser wurde im Jahr 1900 der Bahnhof Rixdorf der Rixdorf-Mittenwalder Eisenbahn (Neukölln-Mittenwalder Eisenbahn) eröffnet. Von diesem bestand ein Ausfallgleis zum Güterbahnhof Rixdorf mit Übergabebahnhof und Ladestraße, bzw. reichte der Güterbahnhof Rixdorf bis zum Bahnhof Rixdorf der Rixdorf-Mittenwalder Eisenbahn (Neukölln-Mittenwalder Eisenbahn).

Im Zuge der Umbennenung von Rixdorf zu Neukölln im Jahr 1912 wurde der Güterbahnhof Rixdorf in Güterbahnhof Neukölln umbenannt.

Ab dem Jahr 1936 wurde der Flughafen Tempelhof zum Flughafen Berlin-Tempelhof ausgebaut und dazu ein Anschlussgleis vom Güterbahnhof Neukölln auf das Flughafengelände verlegt. Das Gleis führte über den Güterbahnhof am Bahnhof Neukölln der Neukölln-Mittenwalder Eisenbahn. Dieses Gleis wurde zur Flughafenbahn ausgebaut.

Anstelle vom Güterbahnhof Neukölln ist das Stadtquartier "Neue Ringbahnhöfe" geplant (Stand 2021).