Der heutige Bersarinplatz entstand an einer alten Wegkreuzung vor den Toren Berlins. Die Gegend wurde "Eckart's Berg" (Eckartsberg), "links vor dem Frankfurter Thor" genannt. Eine der kreuzenden Wege war der Weidenweg, der von Berlin zum alten Dorf Lichtenberg führte. Der Platz wurder erstmals 1862 von James Hobrecht projektiert. 1878/79 wird der Eckartsberg kurzzeitig auch als Eckertsberg (Eckert's Berg) erwähnt. 1882 wurde die Wegkreuzung als Platz angelegt und bekam 1895 den Namen Baltenplatz. 1947 wurde der Platz zu Ehren des ersten sowjetischen Stadtkommandanten Nikolai Erastowitsch Bersarin (1904-1945), der kurz nach dem Zweiten Weltkrieg bei einem Motorradunfall ums Leben kam, in Bersarinplatz umbenannt.

Bis in die 1840er Jahren befand sich an dieser Wegkreuzung eine Knochenmühle. Sie stand nordöstlich der Wegkreuzung zwischen Weidenweg und der heutigen Rigaer Straße. 1874 wurde an der Wegkreuzung die Fabrik für den Bau landwirthschaftlicher Maschinen und Geräthe, die sogenannten späteren "Eckertwerke", von Heinrich Ferdinand Eckert (1819-1875) in Betrieb genommen. Die Fabrik verfügte über eine Gießerei. An der Fabrik befand sich zudem ein Versuchsfeld für landwirtschaftliche Maschinen. Das Farbrikgelände samt Versuchsfeld lag nordwestlich des Platzes zwischen Weidenweg, Mühsamstraße, Petersburger Straße und Eckertstraße. 1877 wurde auf dem Gelände der ehemaligen Knochenmühle die Eckertsche Dampfmühle, die Eckertsche Villa und das Eckertsches Haus von den Eckert Geschwistern gebaut. Diese Gebäude befanden sich am heutigen Bersarinplatz auf der nördlichen Seite der heutigen Rigaer Straße. Die "Dampf-Walzen-Mühle für gequetschtes Pferdefutter und Mehlfabrikation" wurde nach ihrer Fertigstellung nach Heinrich Ferdinand Eckert benannt.

1895 wird die Wegkreuzung zum Baltenplatz benannt und die Fabrik für den Bau landwirthschaftlicher Maschinen und Geräthe siedelt an den Bahnhof Lichtenberg-Friedrichsfelde um. Die Eckertsche Dampfmühle weicht ebenso der Neubebauung mit Mietskasernen.

Die Petersburger Straße war ein alter Feldweg, der eine "Communication" zwischen der Frankfurter Allee und Landsberger Allee vor den Toren Berlins war und die 1874 ihren Namen bekam. 1947 wurde die Petersburger Straße in Bersarinstraße umbenannt. 1991 wurde dies wieder rückgängig gemacht.

Die Thaerstraße zeugt noch heute vom Bau der landwirtschaftlichen Geräte an diesem Platz. Albrecht Daniel Thaer (1752-1828) gilt als Begründer der Agrarwissenschaft und arbeitete mit Heinrich Ferdinand Eckert zusammen. Die Thaerstraße führte einst bis zur heutigen Karl-Marx-Allee und wurde nach dem Zweiten Weltkrieg im Zuge der stalinistischen Neubebauung der damaligen Stalinallee entfernt.

Die Rigaer Straße hieß vor 1893 Eckartsberg Straße (Eckartsbergstraße) und war, ebenso wie der Eckartsberg, nicht nach dem Fabrikbesitzer H. F. Eckert, sondern einem alten Adelsgeschlecht benannt.

Auf dem damaligen Baltenplatz sollte 1934 der Fruchtbarkeitsbrunnen (Stierbrunnen), der auf dem Arnswalder Platz steht, aufgestellt werden. Die Stadtplaner sahen allerdings die gusseisernen Rohre, die unter dem Platz verlaufen, als gefährdet an. Als Ausweichplatz kam zuerst der Forckenbeckplatz nahe dem Zentralviehhof in Frage. Bei diesem war aber der Untergrund für das Kolossalwerk zu sumpfig. Nun schmückt ein Steingarten das ovale Rondell am Bersarinplatz.

Die ursprüngliche Randbebauung am Bersarinplatz, die 1895 fertiggestellt war, wurde im Zweiten Weltkrieg fast vollständig vernichtet. Nach dem Ersten Weltkrieg wurde der Platz in einer ovalen Form angelegt und die Straßenbahnschienen um den mittleren Platz geführt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde der damalige Baltenplatz zum Gemüseanbau genutzt. Von 1985 bis 1987 wurden anstelle der zerstörten Gebäude Plattenbauten (WBS 70) errichtet, die im Jahr 2006 saniert wurden und als "Geckohäuser" vermarktet werden.

Die Bundesstraße 96a (B 96a) führt entlang der Petersburger Straße über den Bersarinplatz. Die B 96a hieß zu DDR-Zeiten "F 96" und war zu DDR-Zeiten die Umfahrungs-Fernverkehrsstraße der B 96, die damals durch West-Berlin führte. Die B 96a beginnt an der B 96 in Mahlow südlich von Berlin und endet an der B 96 in Birkenwerder nördlich von Berlin.